Jäsentäminen on kaikkein tärkein tehtävä, jotta tutkielmasta saa hyvän kokonaisuuden. 

Eli otsikointi täytyy saada vastaamaan sujuvasti tutkielman ongelmanasettelua - ja samalla tutkimuksen ongelmanasettelua voi muokata ja parannella. Wordissä tähän voi käyttää jäsennysnäkymää (Näytä -> Jäsennys) ja OpenOffice Writer:ssa Navigator -toimintoa (Edit -> Navigator; tai F5). Wordin jäsennysnäkymässä voi avata näkyviin tai sulkea näkyvistä ylemmän ja alemman tasoisia otsikoita ja niiden alla olevan teksin. Kätevä on myös vaihtoehto, jossa saa näkyviin jokaisen tekstikappaleen ensimmäisen rivin. 

Tekstikappaleita voi hiiren tai painikkeiden avulla siirtää eteen tai taaksepäin ja niiden otsikkotasoa voi muuttaa. Jäsentetelyvaiheessa voi käyttää myös alemman tason otsikoita, jotka lopullisessa versiossa poistetaan. Voi myös käyttää jotain sellaista tilapäistä otsikkoa kuin "Pois rajattavat asiat".

OpenOfficen Navigator toiminta avaa uuden pikkuikkunan, jossa saa näkyviin pelkät otsikot. Näitä otsikoita voi siirrellä eteen ja taakse sekä niiden tasoa voi muuttaa. Otsikoiden alla olevat tekstit ja alaotsikot seuraavat mukana. Kannattaa harjoitella ja kokeille varovasti, koska ainakin Wordiin tottuneena tuntui, että otsikot helposti menivät sekaisin.